黑龙江各部与后金一一清政权的朝贡关系尚未制度化，没有明确规定进贡时间和进贡数目，处于较为宽松的朝贡关系阶段。博穆博果尔来朝的记载虽然只有两次，但距清太祖征索伦的时间仅隔两年，其他部落朝贡的记载亦不是很频繁，当然相比巴尔达齐确实不够积极，但也仅仅是少数，因其朝贡懈怠而引起清太祖的介怀的可能性较小。
笔者认为，清太宗最为在意的是：“黑水诸部落，惟索伦达呼尔为大，博木博果尔得众心，江南北各城俱附之”。历代君王都最为忌惮威望甚高的臣下，对于有碍自己权威的潜在威胁，清太宗是绝不容许的。经过此次战役，清政府收编了许多索伦部众。将新收复的人口编为牛录，从中选择能力突出者拣任牛录章京，额驸巴尔达齐也做了许多善后工作，收拢七屯之人。
清太宗将大批俘获收拢的黑龙江流域各族部众编为八旗，加入新满洲，这意味着清朝的军事实力获得极大的提升，为其入关定鼎中原打下夯实的基础。索伦部南迁并非开始于顺治朝，早在清太祖、太宗在位时便有少部分索伦部众随征伐内迁，特别是崇德四年（１６３９年）大举进攻索伦部后，有大批人口随之内附，以博穆博果尔为首的索伦部落纷纷降清，被迁移到嫩江流域。但是大规模、有组织的南迁发生于顺治初年，之所以出现大规模的南迀的现象，其原因如下有二：—是沙俄入侵所致。俄罗斯原本是欧洲东部国家，不与中国接壤。直至在伊凡三世及瓦西里三世的领导下逐渐摆脱金帐汗国的控制，走向统一。１５世纪末叶，俄罗斯正式以一个独立统一的国家姿态出现在欧洲东部。１５６４年，伊凡四世自称“沙皇”，侵占喀山汗国，进而不断向东扩张。
１７世纪初，沙俄的侵略气焰已蔓延到西伯利亚地区。沙俄侵略者初次听闻有关中国黑龙江的消息始于崇德元年（１６３６年）。俄国入侵者德米特里科佩洛夫等人在勒拿河支流阿尔丹河河畔，修建布坦斯克堡，强行对附近民族征收毛皮实物税。在此过程中，他们扣留了鄂温克族头目托姆克尼为人质，逼供得知：“靠海地方有一条齐尔喀尔河（指黑龙江），河附近有山，山里出产银子”。俄人深为所动，１６３８年，总管科培罗夫派伊凡莫斯克惟京率三十名哥萨克一行前往奇尔喀尔河一探究竟。
西伯利亚行政当局为了进一步扩大势力范围，寻找“新土地”，派出多股官兵进行侦察。但是，直到１６４２年他们也没能找到黑龙江，只好作罢返回。之后又有波雅尔科夫、哈巴罗夫、斯杰潘诺夫的相继入侵，他们的行径毫无差别，似恶魔般横行在中国的土地上，不但捉拿达斡尔、鄂温克的头人以此要挟其部众俯首称臣，贡纳貂皮，还烧杀抢掠、无恶，不作。哈巴罗夫还把为其充当向导的格尔楚酋长劈成两半，甚至吃人肉，其残暴的行径令人发指。“在不到两年的时间里，这一繁荣富饶的地区变成了荒野，城堡变成了废墟，田园荒芜，惊慌失措的居民离乡背井，到处躲藏”。当地的居民虽与哥萨克们有过激烈的抗争，但终宄不敌，只能踏上南迁的路途，寻找新的生活之所。
二是清政府施力，令其南迁。俄国哥萨克大肆侵扰黑龙江流域之时，恰逢清朝入关之际，对外既忙于镇压南明等此起彼伏的反清斗争，对内又要平衡贵族势力稳定政权，实属分身乏术，无暇他顾。只得保守决断令其南迁，切断沙俄侵略者的补给，“由是索伦、达呼尔南徙于嫩江之滨”气顺治帝曾谕萨哈连吴赖地区头目：“（罗刹）每年来犯，尔等不得安居……尔等即移来单木索陇近弄泥地方，酌量周围，立屯而居，各得安生”。
在朝廷的号召下，顺治六年（１６４９年）达斡尔人巴尔达齐举族南迁，其本人及家族迁入北京，被编入满洲正白旗，授予三等阿思哈尼哈番（男爵）。其他达斡尔族人主要迁徙到嫩江流域中下游地区。鄂温克迁徙到嫩江流域中游及额尔古纳河、海拉尔河河畔。鄂伦春族人则迁移到黑龙江上游及大兴安岭地区，“原游猎于石勒喀河的鄂伦春迁到了托河、多普库尔河、甘河、奎勒河等地。
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